ホンダビッグバイクの顔として定着したCB1300SFだったが、それゆえカラーバリエーションだけの選択肢しか用意されていない状況に物足りなさを感じるユーザーも多かったはず。そんな状況がしばらく続いた後、事態が動いたのは2005年2月のマイナーチェンジだった。
　1300になったBIG‐1初のバリエーションモデルSUPER　BOLD’ORが追加投入されたのだ（1000時代にはビキニカウル付のT2タイプが発売されている）。

　SUPER FOURをベースに新設計のハーフカウルを装備。高速走行時の風圧軽減と走行安定性の向上はもちろん、ボリューム感あふれるハーフカウル装着で大幅にアップした車格に魅力を感じるユーザーを取り込むことに成功した。
　ボディと同イメージのカラーでデザインされたハーフカウルには角型マルチリフレクターヘッドライトとスモークスクリーンを採用。ミラーもカウルマウントとなった。カウルの内側左右には約1リットルの容量を持つ収納スペースを設置した。これらは高速道路二人乗り解禁（2005年4月）も考慮しての仕様であった。

　もう一つの選択肢の拡充は、外観的には全く同一ながらブレーキング時の安心感を飛躍的に高めるアンチロック・ブレーキ・システムを採用したモデルを3月末に追加設定したこと。SUPER FOURとSUPER BOL D’ORの両車に設定され、ABSタイプは通常のモデルより税抜きで7万円アップとなった。ちなみにSUPER BOL D’ORの価格設定はSUPER FOURの10万円アップ（税抜き）というお買い得な設定。
　ABS仕様は、前後輪に装着した車速センサーからの情報を元に、ECUがタイヤロックを常時監視。過大なブレーキへの入力や急な路面変化によるタイヤロックを感知するとブレーキ油圧の減圧、保持、昇圧を瞬時に実行してタイヤロックを回避してくれるというおなじみの機構。ECUには自己診断機能も付いている。外観上の違いはわずかで、フロントサスのアウターケースに入れられた誇らしげな「ABS」の文字と、前後のホイールハブ部に設けられた車速センサー・ディスクとそのピックアップでそれと気づくぐらい。

　順番が前後してしまったが、二代目の第二期のモデルの中核となるSUPER FOURのマイナーチェンジ自体を紹介すると、まずは新形状のサイドカバーの採用があげられる。スムーズなラインにより一見従来と変わらないように思えてしまうが、実は左右で10mmずつ、計20mmスリム化され、形状自体の適正化と併せて足つき性を大幅に向上させている。
　エンジンの点火時期やPGM‐FIの設定も変更され、低速時のスロットルレスポンスを改良することにより、扱いやすさもより向上させている。
　アナログ方式にこだわり続けるメーターだが、今回、文字盤を鮮やかなブルーの自然発光タイプに変更、高級感と視認性を向上させた。さらにシート表皮パターンは前後で異なったものを採用するなど、乗り心地や質感を向上するマイナーチェンジとなった。

　自己診断機能付きのECUを持つABS（アンチロック・ブレーキ・システム）搭載モデルの発表はSUPER BOLD’ORと同一日であったが、発売日は1ヶ月遅れの3月23日とされた。SUPER FOURとSUPER BOLD’OR両モデルに設定され、カラーはパールフェイドレスホワイト×キャンディアルカディアンレッドのみ。

　SUPER FOURはアイアンネイルシルバーメタリック、SUPER BOLD’ORはデジタルシルバーメタリックの車体色を新たに設定。継続のパールフェイドレスホワイト×キャンディーアルカディアンレッドと併せ2色の設定に。また、ウインカーレンズをスモーククリア、リアサスペンションスプリングをファイティングレッドのカラーリングに変更した。価格は変更なし。

　SUPER BOLD’OR〈ABS〉をベースにシートやフレーム、フロントフォークのボトムケースにレッド、クランクケースカバーをゴールド、エンジンをブラックに塗装した、1981年に発売されたCB1100Rを彷彿とさせるカラーリングを施したスペシャルモデルを2006年5月31日までの期間限定受注（1,000台限定）で発売。1,260,000円

　SUPER FOURはツートーンカラーのパールサンビームホワイト×キャンディーアルカディアンレッドと、色鮮やかなグリントウェーブブルーメタリックの2色。部位によって異なる表面加工を施したリアルステッチシートも新たに採用された。新たに3色の車体色と2色のホイールカラーの組み合わせによるカラーオーダープランも設定された。カラーバリエーションは、スタンダードカラーと合わせて計7色となりCB1000~1300SF史上最大のカラーバリエーションに。BOLD’ORはツートーンカラーのほかに、スポーティーなイメージのサハラブルーメタリック×パールコロナドブルーの3色に。CB1300SUPER FOUR 1,060,500円（1,134,000円）カラーオーダープラン1,092,000（1,165,500）円、CB1300SUPER BOLD’OR 1,165,500円（1,239,000円）※（）はABS

　SUPER BOLD’ORにモノトーン調の新色、アイアンネイルシルバーメタリック×ヘビーグレーメタリックを追加し全3色のラインナップに。SUPER FOURは変更なし。価格は変わらず。