二代目にモデルチェンジして丸3年が経過し、そろそろフルモデルチェンジかと思われたが、2008年モデルは基本的には先代モデルからのキープコンセプト。2007年10月の東京モーターショーで発表されていたので発売開始まで随分待たされたことになるが、それだけ平成19年度排出ガス規制への対応は簡単ではなかったということかもしれない。
　

　メインとなる環境対応は、エキパイにキャタライザーを追加、取り回しも1番が2、3番をクロスするようなやや複雑な形状に変更となり、PGM‐FIの高精度3次元マップの点火時期を、従来の1、4番、2、3番気筒用の2枚から、各気筒ごとに独自のマップを持つ設定に変更。エキパイ取り回しの変更との合わせた効果で、1馬力アップし、ホンダの国産国内モデルとしては初の100馬力オーバーモデルとなった。

　なぜかその点についてクローズアップされることがないのも時代なのだろうか。馬力アップとともに低中回転域で出力特性と燃費も向上しているのはさすが。さらにRC211Vで採用されたIACV（Intake Air Control Valve）をスロットルボディに装備。アイドリングの安定とオートチョーク化がなされ、チョークレバーを廃止。冷間時の始動性も向上した。
　車体関係にサイズの変更はないが、車重は4kg増加している。外観ではエンジン色が落ち着いた雰囲気のマッドアクシスグレイメタリックとなり、サイドカバーも車体と同色となっている。シートはタンデム乗車時により一体感が増す形状に見直しが行われステッチも新パターンとなり、ハンドルグリップ、メーター文字板の書体、デザインも変更されている。ハーフカウルのスーパーボルドールとアンチロックブレーキ装備のABS、スーパーフォアのカラーオーダープランは引き続き設定されている。
　完成の域に達しながらも、各部の熟成化を続けることが常にベストテンに顔を出している理由のひとつだろう。　　

　SUPER FOUR〈ABS〉をベースにフレーム、フロントフォークのボトムケースにレッドを施し、またクランクケースカバーをゴールド、エンジンをブラックに塗装し、1981年に発売された〝CB1100R〟を彷彿とさせるカラーリングを施したスペシャルモデル。2006年5月31日までの期間限定受注で1,000台を限定発売。1,218,000円

　2009年モデルとしてリリースされたCB1300シリーズはカラーリングを変更。SUPER FOURシリーズは定番のパールサンビームホワイト×キャンディーアルカディアンレッドはそのままに、落ち着いたイメージのダークネスブラックメタリック×デジタルシルバーメタリック、清潔感のあるパールサンビームホワイト×デジタルシルバーメタリックを新色として追加。この新色２タイプの燃料タンク両サイドには、2008年モデルの一部にも採用されたフレアパターンがあしらわれる。

　SUPER BOL D’OR シリーズはパールコロナドブルー×サハラブルーメタリックが廃止され、新色としてクールな印象のパールサンビームホワイト×チェッカーブラックメタリックが追加されている。尚、2009年スタンダードモデルのホイールカラーは全車ゴールドに変更。SUPER FOUR シリーズには引き続きカラーオーダープランを採用。2色の車体色と2色の前後ホイールカラーから、計4タイプのカラーリングの組み合わせを選択可能としている。価格に変更はない。