■2001年3月9日　
SR400(3HTC)

フロントブレーキをドラムから2ポッドキャリパーのディスクブレーキに変更して制動力をアップすると共に、レスポンスの優れたBSR33キャブレターの採用や、前後サスのセッティング変更、点火方式がチャージコイル式からバッテリーチャージャー式となった。排出ガスを浄化するエア・インダクション・システムの搭載といった時代に即した進化もなされている。カラーは初の3色ラインナップに。

■2002年4月12日　
SR400(3HTD・3HTE)

シリーズ初となるエンジンをマットブラック塗装としたシルバー3が登場。前年モデルと同じ表記のシルバー3だが、グラフィックも異なっている。この年は機種コードが2つあり、シルバー3が3HTD、継続の2色ベリーダークグリーンメタリック1とニューブラックブルーは3HTEになったので注意。主要諸元、価格は変更なし。

■2003年3月3日　
SR400(3HTF・3HTG)

盗難抑止機能イモビライザーを標準装備し、キャブはスロットルポジションセンサー付となり、マフラー内部構造の変更などで騒音規制に対応。この年も機種コードが2つあり、新色のサムソンブルーと、継続のニューブラックブルーが3HTF、継続のブラックエンジンのシルバー3が3HTG。●発売当時価格：460,000円

■2003年4月1日　
SR400 25thアニバーサリー・リミテッドエディション(3HTH)

2003年モデルをベースに、おなじみのサンバースト塗装にクリアを2度塗りしたタンクには真鍮製の音叉マークが付き、シートは初期型SR500タイプのツートン、フロントフォークアウター、クランクケースカバーはアルミバフ仕上げ、専用メーターパネル、アルミ削り出しのオイルキャップ、真鍮製シリアルナンバーが付いたアルミ総削り出しハンドルアッパーホルダーなど、変更は26ヶ所におよぶ。2月10日から3月10日までの予約期間限定の500台限定車。●発売当時価格：550,000円

■2004年2月　
SR400(3HTJ)

■2004年2月25日
新色のブルーイッシュホワイトカクテル１を追加。サムソンブルーとニューブラックブルーは継続。●発売当時本体価格：460,000円

■2005年2月25日　
SR400(3HTK)

新色ダルレッドメタリックDと、ヤマハブラックを追加。ダルレッドメタリックDはシリーズ初となるシルバーフレームを採用。ブルーイッシュホワイトカクテル1はピンストライプを小変更して継続された。●発売当時本体価格：463,000円（税込み　486,150円）

■2005年10月17日　
SR400 50th Anniversary Special Edition (3HTL)

ヤマハの創立50周年を記念し、初代をイメージしたをSR400 50th Anniversary Special Editionを500台限定販売。ブラック文字盤メーター、クラシックイメージのタックロール風シート、ブラックブレーキキャリパーなどの専用装備に、クランクケースとフロントフォークなどにはバフ処理が施されている。●発売当時価格：520,000円（税込み　546,000円）

■2006年3月30日　
SR400(3HTM)
■2006年5月
SR400 YSPブラックスペシャル(3HTN)

カラーリングを変更。新色はベリーダークオレンジメタリック1で、サイドカバーのロゴはクロムメッキからゴールドメッキに。ダルレッドメタリックDとヤマハブラックは継続。●発売当時価格：46,3000円（税込み　486,150円）
5月にはホイール、エンジンなど全身を黒で覆った360台限定のYSPブラックスペシャルも発売された。●YSPメンバーズクラブ本体価格499,000円（税込み　523,950円）

■2007年1月30日　
SR400(3HTP)

カラーリングを変更。新色はベリーダークレッドメタリック2。ベリーダークオレンジメタリック1とヤマハブラックは継続。
●発売当時価格：463,000円（税込み　486,150円）

■2008年2月28日　
SR400(3HTP)

シルバーフレームとなった新色のブルーメタリックCを追加。ベリーダークレッドメタリック2とヤマハブラックは継続。主要諸元、価格共に変更はない。機種コードはなぜか変更なし。

■2008年7月21日　
SR400 30th アニバーサリー・リミテッドエディション(3HTS)

SRの30周年を記念し、ダブルストライプのサンバースト塗装、初代500風のタックロールシート、専用メーター、各部バフ仕上げ、ブラックパーツなどを装備したSR400 30th アニバーサリー・リミテッドエディションを500台限定で発売。●発売当時価格：580,000円（税込み　609,000円）

■2009年12月21日　
SR400(3HTR)

一気に厳しさを増した平成19年度排出ガス規制によって、いよいよカタログ落ちかと思われた大方の予想を裏切って、フューエルインジェクション化とフルトラ点火でリニューアル。ハニカム触媒内蔵の新設計マフラー、クラッチスプリング仕様変更でクラッチ操作荷重低減、レトロモダンなフォントで燃料残量警告灯が追加されたメーター、立体新エンブレム、ブラックアルマイト処理フロントブレーキキャリパー、操作性が向上した新作のサイドスタンドなども装備。もちろん最大の特徴である外装はそのまま、セルスターターの取付も見送られ、伝統のSRスタイルを継承したことは言うまでもない。

■2012年1月30日　
SR400(3HTU)

カラーリングを変更。新色はニューパールホワイトでシート座面がブラウンのツートーンシート。ヤマハブラックはグラフィックが変更され、シートにはシリーズ初採用の白ステッチが入った。価格、主要諸元に変更はない。
この年、グッドデザイン賞を10年以上前に受賞した、または発売以来10年以上継続してユーザーに支持されている賞品に贈られるグッドデザイン賞の特別賞、グッドデザイン・ロングライフデザイン賞を受賞した。

■2013年2月14日　SR400 35th　Anniversary Edition(3HTV)

SR生誕35周年を記念し、専用色とシルバーフレーム、ツートーンシート、記念ロゴ入りブラックメーターなどを装備したSR400 35th　Anniversary Editionをレギュラーモデルよりも安い謝恩価格510,000円（税込　535,500円）で、2013年8月末までの受注期間限定で発売。

■2014年1月20日　
SR400(3HTW)

ブラック文字盤メーターパネル、SR Since 1978の金属調エンブレムなどを新採用しながら、価格は引き下げられた。2014年現在の最新モデル。ダークグレーイッシュレッドメタリック3は新色。ヤマハブラックとニューパールホワイトはシンプルなストライプに変更された。●発売当時本体価格：510,000円（税込　535,500円）