中低速域では2バルブ、高回転域の6750回転に達すると4バルブが作動する新型のHYPER VTECエンジンを搭載してフルモデルチェンジ。かつてCBR400Fに搭載されたREVとは仕組みがまったく異なる進化した可変バルブシステムで、カムがリフターを介してバルブを直押するのは量産車世界初採用。最大トルクが大幅にアップした。また、排出ガス規制に対応すべくエキゾーストエアインジェクションシステム（二次空気導入装置）も採用した。車体周りもホイールベースの35mm短縮、エンジン搭載位置10mmダウン、CBR900RRと同様のツーピースタイプボトムケースなど各部の徹底した軽量化により6kgの減量を果たし、より軽快でシャープなハンドリングを実現している。正式な車名には付かないが、一般的にHYPER VTECまたはVTECと呼ばれることが多い。車体色はシルバーにブルーラインの入ったスペンサーカラーを思い起こさせるフォースシルバーメタリック（ストライプパターン　1万円高）と、単色のキャンディフェニックスブルー、ブラックの3色をラインアップ。

　ハンドルロック機構、キーシリンダーの改良と、直結始動防止回路を新たに採用して盗難抑止対策を強化。キーのエンブレムも新型になり、リアショックのスプリングは赤となった。車体色はストライプパターンのイタリアンレッド、キャンディフェニックスブルーと継続のフォースシルバーメタリックで、単色は廃止されストライプパターンのみとなり、価格は619000円に統一された。

　イタリアンレッドに代わり単色のブラックが復活。フォースシルバーメタリックとキャンディフェニックスブルーは継続されたが、タンデムステップホルダーのカラーが変更されている。価格はストライプパターンも単色も同一の619000円となった。タンク、フェンダーとホイールなどのカラーを組み合わせるカラーオーダープランが新たに設定された。キャンディグローリーレッド、ブラック、パールフェイドレスホワイト、キャンディオーシャングリーン、パールシャイニングイエローとスタンダード2色（ストライプパターンのみ）の7色のボディカラーに、マッドアクシスグレイメタリック、ロスホワイト、マグテックゴールドメタリックの3色のホイールを組み合わせた19パターン（全21パターンのうち3パターンはスタンダードモデルと同色となる）が用意された。価格は2万円アップの639000円。

　バルブタイミング、キャブセッティング、点火時期など吸排気系の見直しによって、低中速域でのトルクアップと全域のパワー特性を向上させたSPECⅡエンジンにバージョンアップ。これにより可変バルブの切り替えは6300回転となり、切り替わる感覚と、4バルブ時の力強さをより体感しやすくなった。メーターも電気式に一新され、キーをオンにすると跳ね上がる動作確認機能や速度計内にオド、トリップが、タコメーター内には時計、燃料計が表示される多機能液晶ディスプレイを追加した。6300回転を越えると針の跳ね上がりが早くなる設定もされている。400クラスとして初のH.I.S.S（キーに内蔵されたチップによる盗難抑止装置）も搭載。このような充実装備ながら価格はわずか1万円アップの629000円（カラーオーダープランは2万円高）で設定された。車体色はストライプパターンのキャンディタヒチアンブルー、フォースシルバーメタリックと、単色のパールフェイドレスホワイト、パールプリズムブラックの4色。

　SPECⅡでも引き続きカラーオーダープランは設定された。ボディカラーはキャンディグローリーレッド、パールプリズムブラック、パールシャイニングイエロー、パールフェイドレスホワイト（スタンダードカラーと同一名称だがストライプ入り）のカラーオーダープラン専用色4色に、スタンダードカラーのキャンディタヒチアンブルーとフォースシルバーメタリック（すべてストライプパターン）を加えた6色に、ホイールカラー（マッドアクシスグレイメタリック、ロスホワイト、スーパーゴールドメタリック）3色の16パターン（2パターンはスタンダード同じ）と、前年より3パターン減ったラインナップとなった。

　400スーパーフォアシリーズの発売以来の登録台数累計が15万6千台を超えた2002年末、後にスーパーフォアのイメージカラーにもなったCBX400Fイメージのツートーンカラー、キャンディブレイジングレッドが新たに追加された。価格は649000円とスタンダードより2万円高い。他の4色はそのまま継続された。

　ニューカラーの追加に合わせ、カラーオーダープランも内容を変更。従来の車体色のうちフォースシルバーメタリックとパールプリズムブラックが、ホイール色はロスホワイトが廃止された。新色のキャンディブレイジングレッドは含まれず、専用色のキャンディグローリーレッド、パールシャイニングイエロー、パールフェイドレスホワイトと、スタンダードカラーのキャンディタヒチアンブルーの4色となった。ボディーカラーは4色に減少したが、各色にストライプの有無が新設定されたので、組み合わせは4×2×2-2（うち2パターンはスタンダードと同じなので）=14パターン。価格はツートーンと同じ649000円。

　CBX400Fの1982年モデルをイメージさせるパールヘロンブルーに、モリワキZERO ANOチタンマフラーを装着した500台限定のプロス店特別仕様車。価格はスタンダードモデルのツートーンに5万円プラスの679000円と装備を考慮すればお買い得車。

　高速巡航時の燃費向上や、2-4バルブの切り替わり時の吸排気音の変化をより解りやすく体感できるように1速から5速は6300回転で、6速のみ6750回転でバルブ切り替えを行うセッティングに変更されたのがスペック3。エキパイ部の吸音材を増量し静粛性も向上させ、シート高の5mmダウンとサイドカバー部分の幅を約10mm狭めることによって足着き性も向上、テールライトは2分割LEDとなり、デザイン面も小変更を受けるなど各部の熟成化も進んだ。車体色はウイングマークをイメージしたニューグラフィックのストライプパターンがキャンディタヒチアンブルーとデジタルシルバーメタリック。単色タイプがパールプリズムブラックの3色。価格は据え置きの629000円（カラーオーダープランは2万円高）。

　カラーオーダープランは、スタンダードのキャンディタヒチアンブルーとデジタルシルバーメタリック、パールプリズムブラックの3色と、専用色のキャンディグローリーレッド、パールフラッシュイエロー、パールフェイドレスホワイトにストライプパターンと単色が設定された12パターンと、ホイール2色（マッドアクシスグレイメタリック、スーパーゴールドメタリック）の組み合わせによる21パターン（3パターンはスタンダードと同一となるため）となった。価格は据え置き649000円。

　フロントフォークに無段階調整が可能なプリロードアジャスタを採用すると共に、シートは高密度ウレタンを採用し乗り心地が向上。カラーはCBX400F風のキャンディブレイジングレッド（ツートーン）が復活。ストライプパターンのキャンディタヒチアンブルー、デジタルシルバーメタリックと、単色タイプのブラックで4色のラインナップとなった。価格はストライプパターンと単色が630000円（ツートーンタイプは2万円高　以降の価格はすべて税抜きで表記）。

　カラーオーダープランも引き続き設定。車体色はウイングマークデザインの入ったストライプパターンのみで、キャンディブレイジングレッド、キャンディタヒチアンブルー、パールフェイドレスホワイト、パールフラッシュイエロー、ブラックのカラーオーダープラン専用5色と、ホイールカラー2色（マットアクシスグレイメタリック、スーパーゴールドメタリック）の組み合わせで、計10パターンと2004年モデルの22パターンから大幅に減少している。価格は650000円にアップした。 ※以下価格はすべて税抜き。

　高速道路での二人乗り解禁に合わせ、プリロードアジャスタ付きの2005年モデルをベースに、高速走行時の風圧低減と、走行安定性向上を目指した専用設計のハーフカウルを追加装着したスーパーボルドールが登場した。スクリーンはスモークタイプで、カウルの内側には通行券などを収納できる約1リットルのフタ付き収納スペース（左側は鍵付き仕様）も設置された。ヘッドライトは角形のマルチリフレクターを採用。車体色はツートーンタイプのキャンディブレイジングレッドと単色のブラックで、スーパーボルドールにカラーオーダープランは設定されなかった。

　イグニッションコイルの大型化などにより低速域での扱いやすさが向上。ウインカーレンズはスモーククリアになった。車体色はストライプパターンが廃止されツートーンパターンのキャンディーブレイジングレッド（継続色だが名称はキャンディからキャンディーと音引きに変更され、ホイールもゴールドに変更）と1982年型のCBX400F風なパールヘロンブルーの2色。単色はグラファイトブラック、パールサンビームホワイトの2色で4色のラインナップ。価格は630000円（ツートーンとカラーオーダープランは2万円高）。 ※価格は税抜き

　カラーオーダープランは引き続き設定されたが、スタンダード色の設定がなくなり、2005年モデルで採用されたウイングマークタイプのストライプパターン（デジタルシルバーメタリック、キャンディーブレイジングレッド、キャンディータヒチアンブルー、レディシュグレーメタリック、パールフラッシュイエロー）5色と、ホイールカラー2色（スーパーゴールドメタリックとマットアクシスグレーメタリック）の組み合わせで全10パターンに。価格は650000円。 ※価格は税抜き。

　好評のスーパーボルドールも、2006年モデルのスーパーフォアと同様の改良を受けた。車体色はツートーンタイプにパールヘロンブルーを追加。定番となったキャンディーブレイジングレッドはホイールカラーをゴールドに変更して継続。単色はブラックがデジタルシルバーメタリックに変更された。価格は700000円（ツートーンは2万円高）。※価格は税抜き。