平成11年度排出ガス規制に適合させるため、エンジンの排気ポートにエアクリーナーから空気を導入し排出ガスを再燃焼させるKCA(Kawasaki Clean Air)とパイプ触媒を組み合わせたKLEEN(Kawasaki Low Exhaust Emission system)を搭載した。スペック上では最大トルクが0.1kg-m減少している。車体色、価格等は変更なし。

2000年モデルから車種統合が行なわれた。4種類あったバリエーションはロングシート+ディスクブレーキのRSと、セパレートシート+ドラムブレーキのカスタムの2車種となった。RSはメッキフェンダー、カスタムは立体エンブレムを装備。価格は全車460,000円。諸元は共に変更なし。

RSは650RS(W3)のイメージをよく捉えたストライプ入りの新グラフィックに。カスタムは明るいポップなグラフィックとなった。サイドカバーにKLEENマークを追加。カスタムはタンクエンブレムが小型のデザインに変更された。価格、諸元共に変更はない。

専用色のパールアルペンホワイトにクロームメッキピンストライプ入りの燃料タンク、ヘッドライトボディ、サイドカバー、フロントとリアフェンダーがクロームメッキ、ツートーンカラーシート、メタリックグレイのメーターカバー、立体タンクマークなどを装備した500台の限定車が発売された。価格はスタンダードモデルと同じ460,000円のお買い得な限定車で好評を博し、以後、2002年を除き毎年恒例となった。。

スズキとのOEM相互供給が突然発表されたこの年のエストレヤは、一転して落ち着きのあるシックなカラーに変身。カスタムはタンクエンブレムもカコミのないデザインに変更された。価格、諸元共に変更はない。

車体色を変更。RSの赤は写真で見ると前年色の継続に見えるが、やや明るめのオレンジ系に変更。カスタムはルミナスウインザーグリーンがメタリックファントムシルバーに変更され、エボニーは前年からそのまま継続された。価格、諸元共に変更はない。

RSをベースに、専用色のパールブレイジングオレンジ×クロームメッキの燃料タンク、ヘッドライトボディ、サイドカバー、フロント&リアフェンダーがクロームメッキ、ツートーンカラーシート、メタリックグレイのメーターカバー、丸形タンクマークなどを装備した500台の限定車。価格はスタンダードモデルから1万円アップの470,000円。なお、カスタムベースの限定車は設定されなかった。

車体色を変更。価格、諸元共に変更はない。※2004年4月1日より消費税込みの総額表示義務化により価格表記は483,000円となったが、本体価格の変更ではない。

2003年の限定車はオレンジであったが、2004年は再びホワイトに（車体色はクロームメッキ／ポーラホワイト）。基本的には2003年限定車と同等の装備だが台数の限定ではなく、3月1日～5月31日受注期間限定で発売された。価格は493,500円(税込）。

RSはサイドカバーに車名が入り、タンクマークが大きなKマークのニューデザインとなった。カスタムは立体エンブレムになり、カラーは一転してポップなイメージに変身。価格は共に483,000円（税込）。諸元共に変更はない。

2005年の限定車は、クロームメッキ／カスタムクリームイエローのコンビネーショングラフィックに。各部のメッキやツートーンシートももちろん採用されている。3月10日〜5月31日の受注期間限定発売。価格は493,500円(税込）。

マーケットコード表記が変更になった2006年モデル。RSはかつて好評であったカラーを復刻したような3色のラインナップになった。カスタムはRSのエボニーと同グラフィックのみの1色に。価格は共に483,000円（税込）。価格、諸元共に変更はない。

毎年恒例のクロームバージョン。2006年は限定車扱いではなく、カラー追加扱いで発売された。車体色はクロームメッキ×メタリックオーシャンブルー。ディスクブレーキ内側が黒塗りとなった他、各部のメッキやツートーンシートも引き続き採用されている。価格は493,500円(税込）。