エンジン、車体共に一新してゴールドウイングは13年ぶりにフルモデルチェンジ。水冷水平対向6気筒というレイアウトはそのままに、エンジン新設計の1800ccへスケールアップ。自動調整式サイレントカムチェーン、直押し式バルブなどで、シルキーシックスはさらに進化を遂げた。また、フューエルインジェクションシステムのPGM-FIと三元触媒システムHECS3により当時世界最高水準の環境性能も併せて達成している。フレームはエンジン本体もメンバーとなるアルミ製のマルチボックスセクション式ツインチューブで、さらに軽快な操作性と快適な乗り心地を実現した。

前後連動のABS、マルチリフレクタータイプのフォグランプ、LEDハイマウントストップランプ、液晶マルチディスプレイ、6連奏CDプレイヤー付オーディオシステム、総容量142リットルのトランクと電波式トランクオープナーなど充実の装備の他、国内仕様には量産二輪車としては世界初となる電動式光軸調整機能付きディスチャージ式ヘッドライトや、間欠機能と電動ウオッシャー付のワイパー、盗難抑止装置H・I・S・Sも標準装備している。※以下特に記述のないものはすべて国内仕様。

パールキャニオンレッドに変わり北米仕様と同じブラックを採用。パールグレイシャーホワイトは継続。その他は変更なし。

継続のパールグレイシャーホワイトに加えてブラック-Z（ブラックから変更。名称変更のみ？）、ストリームシルバーメタリック、パールクロミアムパープル、デュランゴレッドメタリックを追加し、国内のGL史上最大の5色のカラーバリエーションとなった。価格は変更なし。

ABS、6連奏CDチェンジャー、4スピーカーシステム、ワイパー、トランク内のランプ付バニティミラー、付属のKTC製ミラーツールネプロスなどの装備と、クロームメッキパーツを一部省略し、ダクト付ウインドシールド、ウインドシールドの高さ調整可能なハイトアジャストメント、ハンドルスイッチイルミネーション、カーボン調シートなどの専用装備を持ったお買い得なゴールドウイング<USパッケージ>を50台限定で発売。パワー、トルクもやや引き下げられた。ゴールドウイングは従来通り5色設定で変更なし。カタログの価格表記は消費税込み表示になったため3,150,000円となったが、本体価格は3,000,000円で変更なし。

ゴールドウイングの発売30周年を記念した特別仕様を80台限定で発売。30の文字の入った専用エンブレム、専用キー、キーのオンオフ時に専用エンブレムが表示される液晶画面と、USパッケージに採用されたハンドルスイッチイルミネーションを装着。またウインドシールドは上端部が30mm延長され、エアインダクトも追加された。最高出力、最大トルク共にUSパッケージと同値に引き下げられている。

5段階調整可能なグリップヒーター、フロントとリアシートヒーター、足元のフットウォーマーには開閉式ダクトの新設と防寒対策を充実させ、スピーカーの大径化、フロントスピーカー横にツイータースピーカーの増設、パワーアンプの高出力化でオーディオもグレードアップ。外装ではトランクのストップランプ形状を丸形、クリアレンズにするなどの変更が行なわれた。また平成19年度排出ガス規制に対応するため、LAFセンサーの新設などの環境対策も行なわれた。

量産二輪車としては世界初のエアバッグシステムを搭載したゴールドウイング<エアバッグ>を追加。エアバッグ搭載に伴い、センターにあったオーディオコントロールパネルは左側に、その部分にあったリアクッション調整スイッチなどは右側に移動し、ヘッドライトの光軸調整ダイヤルは押しボタンスイッチに変更、タコメーター内にはエアバッグ警告灯が増設された。ゴールドウイング（5月31日発売）は、ビレットシルバーメタリックが廃止となりパールグレイシャーホワイトとブラック-Zの2色になった。価格等に変更はない。ゴールドウイング<エアバッグ・ナビ>はパールグレイシャーホワイトのみ。撮影車はホンダコレクションホールの保存車。

前年発売されたゴールドウイング<エアバッグ>に、ビルトインタイプとしては日本初の二輪車専用ナビゲーションシステムを搭載したゴールドウイング<エアバッグ・ナビ>を120台の限定で発売。フロント部やサイドバッグのモールなどシルバーメッキパーツが車体同色に、エンジンフロントカバーとロアカウルがマットなシルバーに変更されている。ゴールドウイングも同様にカラーリングを変更し、100台限定で発売された。

2008年モデルをベースにバッテリー容量を24Ahにアップ。車体色は1色のみとなり、ゴールドウイングが110台、ゴールドウイング<エアバッグ・ナビ>は40台の限定。カタログ落ちというわけではなかったが、この後2011年モデルまで事実上在庫のみの販売となり、巷では今後の存続が危ぶまれていた。

存続が心配されたゴールドウイングだったが、1800初のモデルチェンもおこなわれた。リアまわりを中心に大幅にデザインを変更し、よりシャープなイメージとなった。オーディオシステムはサラウンドシステムの採用と、フェアリングポケットにAUX端子、リアトランク内にUSBソケットを追加しデジタル式の音楽再生機器にも対応可能となった。ナビゲーションシステムも、３Dビュー対応、SDカードによるルートシェア機能などで進化している。またアメリカから熊本製作所へ生産が移管され、初代GL1000以来の里帰りとなり、国内生産となったことで数量限定ではなく受注生産車となった。ゴールドウイング、ゴールドウイング<エアバッグ・ナビ>共に価格は1800史上初の300万円を切る大幅な値下げを実施した

新色のデジタルシルバーメタリックを追加。従来のパールフェイドレスホワイトは継続され2色体制に。価格は変更なし。なお2013年2月には「街を颯爽とStyle & Impact The Honda Premium Cruiser」をキーワードに開発されたスポーティなイメージとなったバリエーションモデルのゴールドウイングF6B（詳細は新車プロファイルを参照）がラインアップされた。

ゴールドウイング、ゴールドウイング<エアバッグ・ナビ>共にデジタルシルバーメタリックに代わってグラファイトブラック、パールスペンサーブルー、キャンディープロミネンスレッドを追加。パールフェイドレスホワイトは継続され4色のラインアップに。グラファイトブラックのみフレーム、ホイール、シリンダーヘッド、アンダーカウルも黒塗りとなった。価格はゴールドウイングが2,341,500円、ゴールドウイング<エアバッグ・ナビ>は2,835,000円に。また、2014年4月にはマッチョな雰囲気のバリエーションモデル、ゴールドウイングF6C（詳細は新車プロファイルで）も追加されている。

ゴールドウイング誕生40周年を記念して特別仕様のゴールドウイングSEとゴールドウイングSE<エアバッグ・ナビ>が登場。詳細はこちらで。

2015年モデルのゴールドウイング、ゴールドウイング<エアバッグ・ナビ>は、新色のデジタルシルバーメタリックを追加して同日発売。40周年記念エンブレムや記念キー、トランクボックスマットも装備した。パールフェイドレスホワイトとグラファイトブラックは継続され3色に。詳細は新車プロファイルで。