1998年のマイナーチェンジではシリーズ全車に新たにマフラーガードを装着。70、90はフロントブレーキのドラム径が110mmから20mmアップの130mmになり制動力を向上させている。スーパーカブ50はスタンダード、ビジネス、デラックス、カスタム。スーパーカブ70はデラックス、カスタム。スーパーカブ90はデラックス、カスタム。プレスカブがスタンダード、デラックス。スーパーカブシリーズで最初にOHCエンジンを搭載したC65から続く70はこれが最終型（1999年末まで70もカタログに掲載されていたが、平成18年度排出ガス規制対応は行なわれず、1998年モデルが販売された）となった。価格は全車変更なし。

　排出ガス規制対応のためにキャブレターセッティングの変更とブローバイガス還元装置を採用。最高出力は0.5ps、最大トルクは0.04kg-mダウン。スーパーカブ50スタンダード（155,000円）、デラックス（165,000円）、カスタム（185,000円）。プレスカブスタンダード（170,000円）、デラックス（182,000円）のラインアップとなり、1982年のPROに始まる長年続いたビジネスは廃止され、前年に続いてバリエーションが減少した。

　翌年、90も排出ガス規制対応のためキャブレターなどのセッティングを変更。デラックス177,000円、カスタム197,000円。※写真はデラックス

　バブル経済も弾け世間に閉塞感が蔓延し始めた2000年代初頭、世の中の価値感も大きく変わり、質実剛健でレトロイメージも感じるスーパーカブに若者が注目するようになった。そこで50スタンダードをベースにリトルカブ用の小型リアキャリアを装着して専用色（ブーンシルバーメタリック×ブラック、プラズマイエロー×ココナッツホワイト）で演出したバリエーションモデルが投入された。当初は50スタンダードという一般モデルと同じ名称であったが、翌年からスーパーカブ50ストリート仕様に車名を変更した。164,000円。

　エンブレムやステッカー類を一新し、盗難抑止用の別売アラームキットを装着するための配線も新装備。この後スーパーカブは2007年にフューエルインジェクション化されるまで、カラーチェンジすらされることなくこのモデルが継続販売された。そういう意味では初代から続いたキャブレターモデルの最終完成型とも言えよう。50スタンダード（159,000円）、デラックス（169,000円）、ストリート仕様（164,000円）、カスタム（189,000円）。90デラックス（185,000円）、カスタム（205,000円）。プレスカブ50スタンダード（175,000円）、デラックス（189,000円）。